Penjujukan protein ialah proses praktikal untuk menentukan jujukan asid amino bagi keseluruhan atau sebahagian daripada protein atau peptida. Ini mungkin berfungsi untuk mengenal pasti protein atau mencirikan pengubahsuaian selepas translasi. Lazimnya, penjujukan protein separa menyediakan maklumat yang mencukupi (satu atau lebih tag jujukan) untuk mengenalpastinya dengan merujuk kepada pangkalan data jujukan protein yang diperoleh daripada konsep translasi gen.Dua kaedah langsung utama penjujukan protein ialah spektrometri jisim dan degradasi Edman menggunakan penjujuk protein. Kaedah spektrometri jisim kini paling banyak digunakan untuk penjujukan dan pengenalpastian protein tetapi degradasi Edman kekal sebagai alat yang berharga untuk mencirikan terminal N protein.